中國水利工程協會于2005年8月18日召開成立大會，是由全國水利工程建設管理、施工、監理、運行管理、維修養護等企、事業單位及熱心水利事業的其他相關組織和個人，自愿結成的非營利性、全國性的行業自律組織。中國水利工程協會經中華人民共和國國務院批準，民政部注冊，水利部主管。

中國水利工程協會的宗旨：團結廣大會員遵守憲法、法律、法規， 遵守社會道德風尚；貫徹執行國家有關方針政策；促進社會主義物質文明、精神文明和和諧社會建設；服務于政府、服務于社會、服務于會員；維護會員的合法權益；起到聯系政府與會員之間的橋梁與紐帶作用，發展繁榮水利事業。

中國水利工程協會理事會常設辦事機構為秘書處，負責處理協會日常工作，實行理事會領導下的秘書長負責制。秘書處內部機構有綜合部、會員管理部、資格資質管理部、教育培訓部、信用管理部、質量安全部、科技發展部。凡擁護本會章程，自愿加入并積極支持和參與協會活動的中國境內的水利工程建設管理、施工、監理、運行管理、維修養護的企事業單位及其他相關組織和個人，均可自愿申請成為單位會員和個人會員。

中國水利工程協會于2016年12月23日在北京隆重召開了第三次全國會員代表大會暨第三屆理事會第一次會議，選舉產生了協會第三屆領導機構。